По умолчанию "Favorite Icon" сайта оформляют в коде следующим образом:
<link rel="shortcut icon" href="favicon.ico" />
Чтобы сделать иконку под каждый скин можно прописать следующий вариант:
<link rel="shortcut icon" href="style_images/<#IMG_DIR#>/favicon.ico" />положив соответственно иконку указанному пути.
Недавно для себя заметил интересный момент, если прописать в соответствии изложенному выше, то иконку видит Opera в строке адреса сайта, но вот IE отказался ее просмотреть, хотя если и добавить сайт в "Избранное", то favicon видно.
Потом нашел следующий вариант:
<link rel="shortcut icon" href="style_images/<#IMG_DIR#>/favicon.ico" type="image/x-icon" />
Таким образом можно сделать иконку видимой и для "Гиганта - IE".
Удачи !!